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16% d'italien avec MyHéritage... Comment est-ce possible ?

houdinil
houdinil
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forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:48
Bonjour,
Bonsoir,
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Les SNPs testés sont connus, mais pas la relation entre les SNP et les populations de référence.
Quel est le rapport avec ce que je dis dans le message précédent ?
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:48
Juste le 3eme paragraphe, relisez-vous....
Bien évidemment !
C'est ce que les sociétés recherchent...
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Aucun reproche : je n'étais pas d'accord avec cette assertion initiale. Mon argumentaire est explicite dans le message au dessus et en particulier sur les justesses des tests ethniques. Vous ne lisez pas mes messages ? " Je considère que les résultats sur les origines ethniques sont sujet à caution et inhérents aux méthodes utilisées (populations de référence modernes différentes suivant les sociétés...). Il y a de nombreuses références que j'ai déjà indiqué qui disent la même chose (je n'invente rien !)."
et pour le "quoique ce soit d'autres" : vous voulez que je parle de cuisine ;)
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:48
Argumentaire que vous expliquez dans votre dernier message, jamais avant.
Et alors ? Cela vous pose un problème ?
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Ah bon ? "multiple nearby SNPs together as a group, or haplotype," donc un segment et je cite "gentiment" un autre extrait dans le même White Paper de MyAncestry DNA :
"When we perform genetic ethnicity estimation, we are interested in computing the probability that a particular segment of DNA, known as an observed haplotype, came from each possible source population in the reference panel (see Section 4 below)"
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:48
Pas d'accord, vous déduisez un segment de multiples SNPs proches.
Si vous avez un SNP non répertorié entre 2 SNPs connus, vous en faites un segment qui n'existe pas.
Je ne déduis pas. Je cite. Ce sont les rédacteurs du White Paper qui l'écrivent... Donc, allez leur exprimer votre opinion tirée par les cheveux.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Les SNP apparaissent par hasard dans la population à toutes les époques. Se demander "comment" est probablement du ressort des religions ;)
Référence dans le White Paper de MyAncestry DNA :
"To create the ethnicity estimate, we compare a customer’s DNA to a panel of DNA from people with known origins (referred to as the reference panel) and look to see which parts of the customer’s DNA are similar to those from people represented in groups in the reference panel"
C'est explicite "people with known origins" ?...
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:48
Pour qu'une population entière ait les mêmes SNPs, ou segments, il leur faut un ancêtre commun.
Ou alors, on ne fait pas la même biologie génomique humaine.
Le "known origins" se réfère à des populations récentes, les ancêtres communs à des populations lointaines.
L'apparition au hasard récente ne peut justifier une présence dans une population suffisamment significative pour en faire un discriminant.
Oui un ancêtre commun mais pas 2500 ans en arrière juste des arrière-grands-parents !
Quand à la biologie génomique humaine (sic), je ne connais pas cette discipline scientifique. Vous êtes probablement la seule personne la pratiquant ;)
Les ancêtres ne sont pas communs à des populations anciennes juste des arrière- ou arrière-arrière-grands-parents.
Et votre dernier argument ne veut rien dire.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Expliquer les incohérences entre les arbres généalogiques récents et les pourcentages ADN des labos par la méthode de constitution des populations de référence ou par l'ancienneté des SNPs, je ne suis pas sur que ce soit très différent.
Ah ? Vous commencez à modifier votre point de vue ;)
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Plutôt vous le vôtre.
Egalité !
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Cette discussion est allé sur des arguments de plus en plus pointus.
Vous tenez le même discours sans fournir de référence. Votre histoire de SNP ne tient pas la route. Vos arguments ne sont que rhétoriques.
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
L'idée initiale de mes premières réponses à l’initiateur du fil était de simplifier et de vulgariser en présentant des exemples assez simples et compréhensibles.
Il n'est pas sur que les novices posant des questions sur ce forum soient plus avancés avec votre "vulgarisation". Ils feraient mieux d'aller voir dans des ouvrages de génétique humaine ou de bons articles critiques malheureusement en langue anglaise :

https://now.tufts.edu/articles/pulling-back-curtain-dna-ancestry-tests
https://www.vox.com/science-and-health/2019/1/28/18194560/ancestry-dna-23-me-myheritage-science-explainer
https://www.theguardian.com/lifeandstyle/2018/aug/11/question-ancestry-does-dna-testing-really-understand-race
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Cordialement,
J'arrête sur cette dernière réponse notre dialogue.
Cordialement,
Laurent (houdinil)

jerome4
male
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
paulgalibert kirjoitti:
27 Maaliskuu 2020, 14:14


Merci pour ces résultats. Que veulent-ils dire ?

Et quelle est la différence entre Admixture et Oracle ?


Je vais essayé une analogie... avec une recette de gâteau:

Vos résultats d'admixture sont les ingrédients, et le gâteau est votre origine moderne.

En analysant les ingrédients avec leur pourcentage, on va pouvoir en déduire de quel gâteau il s'agit...

Dans les résultats oracles, vous avez les résultats avec une seule population (si vous n'êtes que d'une seule origine, vous seriez plutôt ...)
Puis en deux population, (en trois et en quatre ==> Si vous choisissez oracle4).

A chaque fois 20 possibilités, classées dans un ordre de probabilité, selon la distance.
Une distance de 0 correspondrait à une égalité parfaite entre la possibilité affichée et vos "ingrédients".
Une distance autour de 5 est raisonnable et possible, au-dessus de 10, la correspondance est trop imparfaite.

Mais l'échelle des distances est en fonction du calculateur, donc il ne faut pas généraliser ces valeurs à tous...

paulgalibert
male
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
jerome4 kirjoitti:
27 Maaliskuu 2020, 22:18
paulgalibert kirjoitti:
27 Maaliskuu 2020, 14:14


Merci pour ces résultats. Que veulent-ils dire ?

Et quelle est la différence entre Admixture et Oracle ?


Je vais essayé une analogie... avec une recette de gâteau:

Vos résultats d'admixture sont les ingrédients, et le gâteau est votre origine moderne.

En analysant les ingrédients avec leur pourcentage, on va pouvoir en déduire de quel gâteau il s'agit...

Dans les résultats oracles, vous avez les résultats avec une seule population (si vous n'êtes que d'une seule origine, vous seriez plutôt ...)
Puis en deux population, (en trois et en quatre ==> Si vous choisissez oracle4).

A chaque fois 20 possibilités, classées dans un ordre de probabilité, selon la distance.
Une distance de 0 correspondrait à une égalité parfaite entre la possibilité affichée et vos "ingrédients".
Une distance autour de 5 est raisonnable et possible, au-dessus de 10, la correspondance est trop imparfaite.

Mais l'échelle des distances est en fonction du calculateur, donc il ne faut pas généraliser ces valeurs à tous...
C'est plus clair avec cette analogie. Désolé mais ce n'est vraiment pas évident au début.

J'avais du mal à comprendre comment je pouvais avoir par exemple 50% d'Atlantic + North Sea en Admixture et que l'Oracle m'indiquent des zones espagnoles (ce qui correspond d'ailleurs à ma généalogie).

Concernant les zones de population données par l'Oracle (Eurogenes K13 et K15), les North Italian et Tuscan retiennent mon attention car je n'ai pas d'ancêtre italien connu (sur les 300 dernières années).
Cela signifie-t-il qu'une partie de mon ADN est identique chez ces populations italiennes à cause d'un ancêtre commun (par exemple les romains, qui ont colonisé la côte est de l'Espagne d'où viennent mes ancêtres) ?

Vastaa Viestiin

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