Vastaa Viestiin

Différence CM et match introuvable

superketchup
female
Viestit: 44
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

J'ai 2 petites questions ;-)

- J'ai un match avec Gabriel M. dans FTDNA à 79CM. Sur Geneanet, je le retrouve mais avec 27,9CM. Est-ce normal ?
- Gabriel M. a également transféré son ADN sur MyHeritage mais nous ne matchons pas apparemment. Je ne le trouve pas. Comment peut-on matcher sur 2 sites et pas sur MH ?

Merci d'avance.

Et prenez soir de vous en cette période !

Stéphanie

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

C'est normal. Family Tree DNA prend en compte tous les segments même les plus petits. Cela gonfle ainsi le total en cM. Alors que MyHeritage a un seuil à 6 cM d'où un total plus faible.
La littérature indique qu'en dessous de 7 cM la probabilité de partager un ancêtre commun chute de manière importante
( https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent ). Donc, la valeur cM de MyHeritage est plus pertinente.
cM.png
Cordialement,

Laurent (houdinil)

treb15
male
Modérateur bénévole
Viestit: 3107
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,
superketchup kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 16:48
Sur Geneanet, je le retrouve mais avec 27,9CM. Est-ce normal ?
Le réglage actuel via Geneanet ADN :arrow: https://www.geneanet.org/forum/viewtopi ... 0#p1666820 ;)
Modérateur bénévole

:idea: Vous avez besoin d'aide, la réponse est peut-être dans un de ces articles :arrow: https://www.geneanet.org/aide/

:idea: Vous avez besoin d'aide concernant le service Geneanet ADN :arrow: https://www.geneanet.org/adn/aide/
.

superketchup
female
Viestit: 44
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Merci !!
Mais sur FTDNA, le segment le plus long est de 24 apparemment... C'est ce qui est écrit en tout cas.
pfff Je ne comprends rien

;-)

selfonlypath
selfonlypath
Viestit: 50
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 17:21
Bonjour,

C'est normal. Family Tree DNA prend en compte tous les segments même les plus petits. Cela gonfle ainsi le total en cM. Alors que MyHeritage a un seuil à 6 cM d'où un total plus faible.
La littérature indique qu'en dessous de 7 cM la probabilité de partager un ancêtre commun chute de manière importante
( https://isogg.org/wiki/Identical_by_descent ). Donc, la valeur cM de MyHeritage est plus pertinente.
cM.png

Cordialement,

Laurent (houdinil)
Dans mon cas récemment, c'est l'opposé où mon match avec Clément D. sur geneanet est supérieur en cM et considère 2 segments pertinents. Il se trouve que le test ADN de Clément a été sur FTDNA, dans mon cas mon test ADN sur 23andme que j'ai importé sur FTDNA.

Or sur FTDNA je n'ai aucun match avec Clément !

Du coup on a transféré nos 2 fichiers sur GEDMATCH qui là trouve bien un segment effectivement mais moins de cM annoncé par geneanet !

On va voir ce que cela donne sur MyHeritage d'ici quelques jours.

Albert

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

Le mieux est d'utiliser le logiciel Genome Mate Pro qui permet d'importer la majorité des infos récupérés des sociétés réalisant les tests ainsi que ceux de Gedmatch (mais pas ceux de Généanet) : la liste des correspondances avec les totaux en cM et les segments partagés. Il est simple avant l'importation de régler le seuil à 7 cM et de comparer plusieurs sociétés si les raw data ont été téléchargés sur plusieurs sites.
D'autre part, il est tout à fait possible de voir les segments partagés sur Family Tree DNA et dans leur cas la prise en compte des (tout) petits segments. Même chose sur MyHeritage ADN et Gedmatch.

Cordialement,

Laurent (houdinil)

selfonlypath
selfonlypath
Viestit: 50
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:15
D'autre part, il est tout à fait possible de voir les segments partagés sur Family Tree DNA et dans leur cas la prise en compte des (tout) petits segments. Même chose sur MyHeritage ADN et Gedmatch.
Sur FTDNA ou MH ou GEDMATCH, on peut effectivement changer les seuils sauf que si au départ, il n'y a pas de match sur leur serveur c'est impossible de changer les seuillage. Encore une fois, le cas que je soulève est simple: 2 fichiers présents sur FTDNA qui ne match pas or geneanet trouve à un match avec 2 segments concluant à 0.28% de correspondance totale. Etant donné que FTDNA possède une tendance à proposer plus de match avec des seuils plus faible, se pose la question de pourquoi l'algorithme geneanet trouve un match alors que FTDNA n'y arrive pas.

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Un exemple avec un même match.
Pour FT DNA il faut sélectionner le "match" et cliquer sur Chromosome Browser puis Detailed Segment Data :
FT DNA.png
On note la présence des petits segments qui gonflent le total partagé (toutes les segments ne sont pas présentés dans le snapshot).
Pour MyHeritage, on va dans Outils puis comparateur de chromosome et on recherche son "match" puis "Information sur les segments d'ADN partagés" (en bas) :
MyHeritage ADN Chromosome Browser.png
On note qu'il n'y a que des fragments supérieurs à 6 cM.
Pour Gedmatch il faut cliquer son kit et choisir le "match" c'est à dire cliquer sur "A" :
Gedmatch.png
On peut régler le seuil mais j'ai laissé par défaut.
Généanet a encore du travail pour améliorer la section ADN !
Cordialement,

Laurent (houdinil)

selfonlypath
selfonlypath
Viestit: 50
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:32
Un exemple avec un même match.
Pour FT DNA il faut sélectionner le "match" et cliquer sur Chromosome Browser puis Detailed Segment Data :
FT DNA.png
On note la présence des petits segments qui gonflent le total partagé (toutes les segments ne sont pas présentés dans le snapshot).
Pour MyHeritage, on va dans Outils puis comparateur de chromosome et on recherche son "match" puis "Information sur les segments d'ADN partagés" (en bas) :
MyHeritage ADN Chromosome Browser.png
On note qu'il n'y a que des fragments supérieurs à 6 cM.
Pour Gedmatch il faut cliquer son kit et choisir le "match" c'est à dire cliquer sur "A" :
Gedmatch.png
On peut régler le seuil mais j'ai laissé par défaut.
Généanet a encore du travail pour améliorer la section ADN !
Cordialement,

Laurent (houdinil)
Je répète une 2nd fois.... sur FTDNA je ne peux pas cliquer sur le match en question pour ensuite modifier le seuillage vu que dans le cas précis, FTDNA ne donne pas de match avec cette personne qui elle match à 0.28% sur geneanet.

Bien cordialement, Albert
Viimeksi muokannut selfonlypath, 29 Maaliskuu 2020, 18:44. Yhteensä muokattu 2 kertaa.

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
selfonlypath kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:31
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:15
D'autre part, il est tout à fait possible de voir les segments partagés sur Family Tree DNA et dans leur cas la prise en compte des (tout) petits segments. Même chose sur MyHeritage ADN et Gedmatch.
Sur FTDNA ou MH ou GEDMATCH, on peut effectivement changer les seuils sauf que si au départ, il n'y a pas de match sur leur serveur c'est impossible de changer les seuillage. Encore une fois, le cas que je soulève est simple: 2 fichiers présents sur FTDNA qui ne match pas or geneanet trouve à un match avec 2 segments concluant à 0.28% de correspondance totale. Etant donné que FTDNA possède une tendance à proposer plus de match avec des seuils plus faible, se pose la question de pourquoi l'algorithme geneanet trouve un match alors que FTDNA n'y arrive pas.
Alors, en effet c'est un autre problème ! Il faut bien voir si c'est un problème d'algorithme et donc le mieux serait de poser le problème à FT DNA. Dans votre cas, vous avez cependant bien la correspondance avec GedMatch et Généanet c'est peut-être un problème au niveau de l'algorithme de FT DNA...

Cordialement,

Laurent (houdinil)

superketchup
female
Viestit: 44
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Je vous remercie pour ces infos. Vraiment !
Mais je dois être honnête, je ne comprends rien :-( :D

Je viens d'installer Genome Mate Pro et même l'installation est....

Bref, je suis une quiche !

:D :D :D :D

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
En effet, Genome Mate Pro est plutôt compliqué à utiliser mais malheureusement la génétique n'est pas simple. Il y a plein de concept à comprendre et à assimiler !
Il y a un guide très bien fait et mis à jour régulièrement mais en langue anglaise.
Cordialement,

Laurent (houdinil)

selfonlypath
selfonlypath
Viestit: 50
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:38
selfonlypath kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:31
houdinil kirjoitti:
29 Maaliskuu 2020, 18:15
D'autre part, il est tout à fait possible de voir les segments partagés sur Family Tree DNA et dans leur cas la prise en compte des (tout) petits segments. Même chose sur MyHeritage ADN et Gedmatch.
Sur FTDNA ou MH ou GEDMATCH, on peut effectivement changer les seuils sauf que si au départ, il n'y a pas de match sur leur serveur c'est impossible de changer les seuillage. Encore une fois, le cas que je soulève est simple: 2 fichiers présents sur FTDNA qui ne match pas or geneanet trouve à un match avec 2 segments concluant à 0.28% de correspondance totale. Etant donné que FTDNA possède une tendance à proposer plus de match avec des seuils plus faible, se pose la question de pourquoi l'algorithme geneanet trouve un match alors que FTDNA n'y arrive pas.
Alors, en effet c'est un autre problème ! Il faut bien voir si c'est un problème d'algorithme et donc le mieux serait de poser le problème à FT DNA. Dans votre cas, vous avez cependant bien la correspondance avec GedMatch et Généanet c'est peut-être un problème au niveau de l'algorithme de FT DNA...

Cordialement,

Laurent (houdinil)
Etant donné que geneanet est en version beta, je tendrais plus vers un bug partiel et ne vois pas l'intérêt de remettre en question l'algorithme de FTDNA qui a pignon sur rue, idem pour gedmatch.

Au passage, pensez-vous que GEDMATCH possède un algorithme réputé fiable et si oui, je me suis livré ce matin entre les 2 kits à différents seuillage. En pièce-jointe la page de gedmatch (verogen) où j'ai d'abord fait un essais à 7cm puis 6cm puis 5cm jusqu'à 3cm. Que cela soit avec 6cm ou 7cm, toujours un seul segment de longueur 10.4 cM donc ne colle pas avec l'estimation de geneanet (2 segments, longueur total 20 cM et segment le plus long 11.8 cM). Si je choisis 5cM comme seuil, là j'ai 4 segments dont le total fait maintenant 31.4 cM mais tout le monde est bien d'accord à priori que cela devient un bruit de calcul.

La vraie question que cela soit geneanet qui est en apprentissage ou mise au point de l'algorithme de correspondance... est-ce qu'algorithme de correspondance est universel dont le calcul des métriques puis chaque société choisi ses seuillages pour faire croire au niveau marketing plus de correspondances (MyHeritage est vraiment le champion du genre à mon sens).

Dis autrement, est-ce qu'il y a encore de la recherche ou R&D sur l'algorithme et si oui, quelle est la société parmi 23andme, FTDNA, MH, Ancestry, LivingDNA, GEDMATCH... réputée la plus précise ?
Liitteet
Autosomal-Chromosome-Compare-Thresholds.jpg
Viimeksi muokannut selfonlypath, 31 Maaliskuu 2020, 16:43. Yhteensä muokattu 2 kertaa.

houdinil
houdinil
Viestit: 366
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

Le problème est que les algorithmes des sociétés utilisées pour trouver les segments communs pertinents (IBD : Identical By Descent dans le jargon) sont la plupart du temps propriétaires. Je pense qu'ils sont tous dérivés d'algorithmes issus de recherche académique.
Voici par exemple un "White Paper" d'Ancestry DNA qui explique la démarche pour trouver les correspondances :
https://www.ancestry.com/dna/resource/whitePaper/AncestryDNA-Matching-White-Paper.pdf
Très technique ! Mais ils indiquent qu'ils ont utilisé et modifié un algorithme issu de la recherche académique pour la détection des IBD. Il est intéressant de comprendre la démarche globale.

Dans votre cas c'est en effet possible qu'il y ait un problème du côté de l'algorithme de Généanet.

Pour ma part, j'ai fait un test ADN il y a deux ans chez MyHeritage DNA et j'ai téléversé mes données brutes initialement sur FT DNA, Gedmatch, Living DNA et DNA Land. Je n'ai pas eu le genre de problème que vous avez eu avec Généanet si je compare les résultats de personnes ayant téléversé leurs données brutes sur ces sites (la plupart du temps FT DNA, Gedmatch et MyHeritage DNA).

Pour la recherche de cousins génétiques je me limite pour l'instant aux correspondances relativement importantes (cousinage au 4-5e degré avec des totaux entre 50 et 150-200 cM). En effet, au-delà (c'est à dire en dessous de 50 cM) il est de plus en plus difficile de trouver l'ancêtre commun (MRCA). J'en ai déjà trouvé une bonne quinzaine pour ma part.

Généanet DNA est au tout début et pour ma part il ne m'a rien apporté pour l'instant de plus que ce que j'ai pu établir avec les autres sociétés !

Cordialement,

Laurent (houdinil)

selfonlypath
selfonlypath
Viestit: 50
Sukupuu: Graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour Laurent,

Je pense que l'autre problème de fond est la technologie ou pertinence ou détail du test en labo suivant les sociétés.

Un truc assez troublant voir choquant voir montre le challenge ou le marketing mensonger chez MyHeritage.

Ma cousine 2nd degré a fait son test chez 23andme tout comme moi... rien à dire, on match. Plus tard ma cousine décide de faire un test sur MyHeritage et de mon côté je téléverse mon fichier 23andme chez MH. Rien à dire mais le match change quand même en pourcentage sauf que l'on trouve des incohérences car elle ne match pas avec ma demi-nièce avec qui j'ai plus de 10%

Du coup on s'est livré à un exercice consistant à téléverser le fichier 23andme de ma cousine chez MH. Il y a donc 2 profils qu'elle gère, c'est la même personne sauf que les tests ont été faits respectivement sur 23andme et MH. Bien sûr elle matche avec elle-même avec l'agorithme MH mais par contre, leur correspondance commune c'est n'importe quoi avec un écart considérable voir on se demande si c'est la même personne...

Sur geneanet je retrouve bien ma cousine sauf que le match semble un peu plus élevé que la prédiction 23andme.

En tout cas pour revenir à mon post initial, étant donné que le seuil cM de FTDNA est plus faible que geneanet, pour moi l'algorithme version beta de geneanet semble être buggé partiellement.

De tout mes essais et comparaisons sur différents cas entre 23andme, FTDNA, MH, GEDMATCH et récemment LivingDNA... je tendrais à conclure que cela ne sert à rien de faire confiance à des match inférieurs à 0.8% car les algorithmes sont différents, les test biologique sont aussi différents suivant les sociétés.

Vastaa Viestiin

Palaa sivulle “Généalogie génétique”