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Parentés ADN entre membres de la famille très proche

Forum sur la généalogie génétique
phlopez
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Bonjour,
Mes parents, ma sœur et moi-même avons passé le test ADN.
Ma sœur semble être de parenté éloignée, 0.37 %, 27.2 cM, avec membre geneanet de fiabilité notée par une pastille verte (une pastille verte indique une parenté ADN fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit avéré)
Mes parents, et ni moi, n'avons pas cette personne dans la liste de parentés ADN. :?
Je précise qu'il n'y a pas de loup. Mes parents sont mes parents et ma sœur est ma sœur. :lol:
La fiabilité de ces parentés éloignées ADN est-elle si avérée? :?:
Philippe.
zanzigirl
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Bonjour,

Ce n'est pas une question technique, je l'ai déplacée vers le forum Généalogie génétique.

Puisque vous débutez sur les forums, voici quelques conseils pour bien les utiliser :

https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=13769&t=617246

Cordialement
Claudine
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phlopez
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Bonjour,

Ok. J'ai accédé à ce "Forum d'Aide" depuis la page https://www.geneanet.org/adn/aide/
Peut-être voir avec l'admin pour pointer vers le bon forum?

Philippe.
forhanp
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Bonjour,

Il y a toujours la possibilité que l'ADN de votre père et de votre mère combinés génèrent un segment plus important chez votre sœur.
Ce serait alors un match de hasard.
Dans cette note : https://www.geneanet.org/blog/post/2020/09/geneanet-adn-les-niveaux-de-fiabilite-des-parentes-adn-evoluent
Vous pourrez lire ceci :
Gardez bien à l’esprit que quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante (notamment pour les pourcentages d’ADN partagé les plus faibles, inférieurs à 0,7%). Les trois niveaux de fiabilité que nous vous proposons sont simplement destinés à vous permettre de cibler davantage vos recherches sur les parentés que nous estimons les plus intéressantes d’un point de vue généalogique.
Cordialement,
Pascal Forhan
zanzigirl
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phlopez kirjoitti: 19 Syyskuu 2020, 19:35 Bonjour,

Ok. J'ai accédé à ce "Forum d'Aide" depuis la page https://www.geneanet.org/adn/aide/
Peut-être voir avec l'admin pour pointer vers le bon forum?

Philippe.
Le lien en haut de page vous mène au sommaire des différents forums et il est vrai que le forum Généalogie génétique n'est pas le plus facile à trouver, quant au pavé Forum d'aide, il mène directement sur le forum Questions techniques diverses... :?

Je signale à l'assistance.

Claudine
Viimeksi muokannut zanzigirl, 19 Syyskuu 2020, 21:12. Yhteensä muokattu 2 kertaa.
Syy: rectificatif
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forhanp
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Bonjour,
zanzigirl kirjoitti: 19 Syyskuu 2020, 20:03 Le lien vous mène au sommaire des différents forums et il est vrai que le forum Généalogie génétique n'est pas le plus facile à trouver...
C'est inexact, si vous cliquez sur le bouton forum d'aide, vous arrivez ici :
https://www.geneanet.org/forum/posting.php?f=24&mode=post
Soit la création d'un message dans le forum "Questions techniques diverses"
En tout cas, c'est ce que cela fait chez moi qui ne suis pas modérateur.

Cordialement,
Pascal Forhan
phlopez
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forhanp kirjoitti: 19 Syyskuu 2020, 19:52 Bonjour,

Il y a toujours la possibilité que l'ADN de votre père et de votre mère combinés génèrent un segment plus important chez votre sœur.
Ce serait alors un match de hasard.
Dans cette note : https://www.geneanet.org/blog/post/2020/09/geneanet-adn-les-niveaux-de-fiabilite-des-parentes-adn-evoluent
Vous pourrez lire ceci :
Gardez bien à l’esprit que quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante (notamment pour les pourcentages d’ADN partagé les plus faibles, inférieurs à 0,7%). Les trois niveaux de fiabilité que nous vous proposons sont simplement destinés à vous permettre de cibler davantage vos recherches sur les parentés que nous estimons les plus intéressantes d’un point de vue généalogique.
Cordialement,
Bonjour Pascal,
C'est ce que je craignais et pensais. Je trouve juste regrettable cette communication contradictoire de geneanet sur le sujet
1. une pastille verte indique une parenté ADN fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit avéré
2. quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante
En résumé, la couleur de la pastille n'est d'aucune information pertinente.

Merci
Bien cordialement
Philippe.
forhanp
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Bonjour,
phlopez kirjoitti: 20 Syyskuu 2020, 06:28 C'est ce que je craignais et pensais. Je trouve juste regrettable cette communication contradictoire de geneanet sur le sujet
1. une pastille verte indique une parenté ADN fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit avéré
2. quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante
En résumé, la couleur de la pastille n'est d'aucune information pertinente.
Quelle réaction étonnante.
Vous avez un outil qui vous aide et vous lui reprochez de tomber sur un cas de figure particulier qui ne vous permet pas de trancher.
Donc vous reprochez à l'outil ce que vos données ne permettent pas de faire.

On dirait quelqu'un qui a trouvé le relevé d'un acte de mariage et s’aperçoit qu'il n'est pas filiatif. Alors il se plaint de la personne qui a fait le relevé. C'est l'acte qui ne donne pas les informations...

Vous êtes dans un cas de figure où les données parcellaires (n'oubliez pas que les tests autosomaux ne testent que 600 à 700 mille paires de bases sur les 3 milliards que comptent l'ADN, soit à peine 0,02% ) génèrent un segment plus long avec les ADN de votre père et de votre mère. Ne rejetez pas la faute sur l'outil, plaignez vous auprès des labos qui vous font miroiter des merveilles sans vous donner accès à ce qu'ils vous promettent.

Cordialement,
Pascal Forhan
jerome4
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phlopez kirjoitti: 20 Syyskuu 2020, 06:28
forhanp kirjoitti: 19 Syyskuu 2020, 19:52 Bonjour,

Il y a toujours la possibilité que l'ADN de votre père et de votre mère combinés génèrent un segment plus important chez votre sœur.
Ce serait alors un match de hasard.
Dans cette note : https://www.geneanet.org/blog/post/2020/09/geneanet-adn-les-niveaux-de-fiabilite-des-parentes-adn-evoluent
Vous pourrez lire ceci :
Gardez bien à l’esprit que quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante (notamment pour les pourcentages d’ADN partagé les plus faibles, inférieurs à 0,7%). Les trois niveaux de fiabilité que nous vous proposons sont simplement destinés à vous permettre de cibler davantage vos recherches sur les parentés que nous estimons les plus intéressantes d’un point de vue généalogique.
Cordialement,
Bonjour Pascal,
C'est ce que je craignais et pensais. Je trouve juste regrettable cette communication contradictoire de geneanet sur le sujet
1. une pastille verte indique une parenté ADN fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit avéré
2. quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante
En résumé, la couleur de la pastille n'est d'aucune information pertinente.

Merci
Bien cordialement
Philippe.
Dans la vie, rien n'est blanc, rien n'est noir. Tout est nuance... :D
treb15
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phlopez kirjoitti: 20 Syyskuu 2020, 06:28 Bonjour Pascal,
C'est ce que je craignais et pensais. Je trouve juste regrettable cette communication contradictoire de geneanet sur le sujet
1. une pastille verte indique une parenté ADN potentiellement fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit potentiellement avéré
2. quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante
En résumé, la couleur de la pastille n'est d'aucune information pertinente.

Merci
Bien cordialement
Philippe.
Bonjour,

*Il faut être conscient qu'il n'y a pas d'algorithme capable à 100% de déterminer l'intégralité des parentés...

Il faut ainsi prendre les couleurs des pastilles comme une indication visible au premier coup d’œil pour attirer l'attention sur le fait qu'une correspondance ADN est potentiellement intéressante ou non, en fonction des paramètres suivants % d'ADN partagé, du nombre de segments partagés et de la taille du segment le plus long.
Reste que cela ne sera jamais déterminant avec exactitude... même si l'on peut espérer toujours rendre l'algorithme de plus en plus fiable en affinant des réglages et avec pourquoi pas des outils comme l'étude des segments d'ADN partagés avec un Chromosome Browser puis la triangulation...

A titre d'exemples : [treb15] MyHeritage - mes cas de correspondance\match ADN
Modérateur bénévole

:idea: Vous avez besoin d'aide, la réponse est peut-être disponible à la page :arrow: https://www.geneanet.org/aide/

:idea: Sans oublier le Blog, avec des articles d'aide, l'actualité du site et des projets... :arrow: https://www.geneanet.org/blog

:idea: Concernant la généalogie génétique :arrow: https://www.geneanet.org/forum/viewforum.php?f=77580
.
phlopez
male
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Et ben dis donc... :lol: :lol: :lol: :lol:
Alors: Je ne reproche rien a personne, ni à ceux qui font ces algorithmes complexes, je ne me plains pas, je ne rejette la faute sur personne...
La couleur attribuée avait titillé ma curiosité, avec dans ce cas ma sœur qui a une pastille verte sur cette correspondance, et rien pour nous autres (est-ce que nous pourrions passer sous les radars des correspondances? C'est la question que je me posais aussi). Et dans d'autres cas j'ai une pastille verte avec une correspondance à 0.28 % / 20.4 cM, et une orange à 0.35 % / 25.7 cM. Cela doit provenir d'un résultat qui ne doit pas que se baser sur le pourcentage, nombre de cM, peut-être la/les longueur(s) de segments et/ou le nombre... Je ne sais pas.
Dans ma tête, vert = OK. Ce que semble vouloir dire en partie la communication de geneanet sur le sujet, que je re-cite sans supprimer ni ajouter des mots: "une pastille verte indique une parenté ADN fiable, c’est-à-dire que l’ADN partagé est suffisamment élevé pour qu’un cousinage génétique soit avéré ;"
Certes, rien est sûr, rien ne peut garantir à 100% les résultats, même si avec une correspondance à 50%, on ne devrait pas trop prendre de risque à dire qu'il y a une parenté quelque part ... :lol:
A nouveau, je regrette juste cette communication de geneanet sur le sujet, qui est contradictoire car il faut lire plus loin: "quelle que soit la couleur de la pastille, la parenté détectée peut être réelle, ou au contraire inexistante". Ca me fait penser à ce resto indien pas très loin de chez: "Restaurant Végétarien, et non-végétarien". Appelons cela un resto alors...
Merci beaucoup en tout cas pour vos réponses. Ca m'a aidé à comprendre et interpréter la couleur de la pastille.
Philippe.
treb15
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Il n'y malheureusement pas d'autres choix que de se baser au moins via ces trois paramètres, qui sont la base des tests ADN...

Sinon, en effet, il serait bien possible de restreindre plus largement les niveaux (cela est sûr qu'avec 50% pas de risques de se tromper :lol: ) mais cela imputerait d'ignorer de nombreuses correspondances faibles mais réelles dans le lot ...

Ainsi, toute la difficulté réside dans le fait de détecter les potentielles réelles correspondances ADN pour des pourcentages "faibles"...

Cela dépend aussi de la composition génétique de chacun selon le pourcentage que l'on a hérité de nos parents et idem précédemment eux-même de leurs parents ...

Je vous invite à voir :
[analyse] correspondances\matchs ADN: détection et prédiction des relations
https://blog.kittycooper.com/2014/09/using-the-chromosome-mapper-to-make-a-four-generation-inheritance-picture/
http://dna-pass.com/combien-de-genes-heritons-nous-de-nos-ancetres/
https://gcbias.org/2013/11/04/how-much-of-your-genome-do-you-inherit-from-a-particular-ancestor/
https://gcbias.org/2013/10/20/how-much-of-your-genome-do-you-inherit-from-a-particular-grandparent/

P.S. : pour mémoire l'outil GeneanetADN a commencé avec uniquement deux couleurs pour les pastilles et une restriction à "1 seul segment, vous aurez un point vert à partir de 20 cM"
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phlopez
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Bonjour treb15,
Mille pardon pour le retard.
Merci pour tous ces liens.

Sur les pastilles, je serais d'avis d'etre plus conservateur sur le principe, même si, même si, ça restera difficile de trancher et de passer d'une couleur à l'autre. Mais là se dire que quelquesoit la couleur, ça peut être vrai ou pas, ça perd un peu de son intérêt. Je ne sais pas ce que l'algorithme de comparaison retourne comme métriques en sortie, mais attribuer un niveau de confiance (comme à la météo :D ), sur les correspondance faibles d'ADN, en plus de la couleur (orange), ça pourrait être sympa, si c'est viable, envisageable... C'est juste une idée comme ça, à 1 centime. :lol:
treb15
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Bonjour,
phlopez kirjoitti: 28 Syyskuu 2020, 06:24 Sur les pastilles, je serais d'avis d'etre plus conservateur sur le principe, même si, même si, ça restera difficile de trancher et de passer d'une couleur à l'autre. Mais là se dire que quelquesoit la couleur, ça peut être vrai ou pas, ça perd un peu de son intérêt. Je ne sais pas ce que l'algorithme de comparaison retourne comme métriques en sortie, mais attribuer un niveau de confiance (comme à la météo :D ), sur les correspondance faibles d'ADN, en plus de la couleur (orange), ça pourrait être sympa, si c'est viable, envisageable... C'est juste une idée comme ça, à 1 centime. :lol:
La possibilité qu'une pastille verte soit une réelle correspondance est plus grande que pour une pastille orange et cela est plus faible pour les pastilles rouges... la logique est bien correcte.
https://www.geneanet.org/blog/post/2020/09/geneanet-adn-les-niveaux-de-fiabilite-des-parentes-adn-evoluent

Après, il reste à l'algorithme à "mûrir au maximum" des performances possibles* pour tenter entre autre de séparer au mieux les segments significatifs des IBP (identical by population) puis à être exploiter en concordance avec les données généalogiques :ugeek:


Je vous invite ainsi à patienter, l'outil GeneanetADN continuera à progresser ;)



forhanp kirjoitti: 20 Syyskuu 2020, 09:49 Vous êtes dans un cas de figure où les données parcellaires (n'oubliez pas que les tests autosomaux ne testent que 600 à 700 mille paires de bases sur les 3 milliards que comptent l'ADN, soit à peine 0,02% ) génèrent un segment plus long avec les ADN de votre père et de votre mère. Ne rejetez pas la faute sur l'outil, plaignez vous auprès des labos qui vous font miroiter des merveilles sans vous donner accès à ce qu'ils vous promettent.
Je ne pense pas que ceci soit à remettre en cause, le 'tronc commun" de notre ADN n'apporterait pas d'utilité à être exploiter vis à vis des tests dits "récréatifs" de la généalogie génétique ;)
Après effectivement, chaque société \ laboratoire n'exploite pas exactement le même échantillonnage d'ADN et effectue des ainsi des choix qui leurs sont propres et qui ont par ailleurs parfois déjà évolué.
Là où il font miroiter des merveilles à ce jour, c'est surtout sur leur capacité à évaluer les origines ethniques...
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Bonjour,
treb15 kirjoitti: 28 Syyskuu 2020, 08:11 Je ne pense pas que ceci soit à remettre en cause, le 'tronc commun" de notre ADN n'apporterait pas d'utilité à être exploiter vis à vis des tests dits "récréatifs" de la généalogie génétique ;)
Après effectivement, chaque société \ laboratoire n'exploite pas exactement le même échantillonnage d'ADN et effectue ainsi des choix qui leurs sont propres et qui ont par ailleurs parfois déjà évolué.
Là où il font miroiter des merveilles à ce jour, c'est surtout sur leur capacité à évaluer les origines ethniques...
Il est quand même étonnant que pour les mêmes populations de référence, on ne teste pas les mêmes marqueurs pour donner un résultat entre les différents labos.
Sans aller jusqu'à tester 100% de l'ADN, prendre déjà l'ensemble des SNP testés de chaque labo pour en faire une union pourrait être un plus.
Mais bien sur, cela n'arrivera pas car on rentre dans les secrets industriels des labos vis-à-vis des puces de tests qu'ils utilisent.

Ce tableau date un peu : https://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=2700
Mais quand on voit que 23&me et MyHeritage ne partage que 14% des bases testées, on peut vraiment se demander comment on peut comparer leurs résultats.
On est en train de dire que sur 700 000 bases testés, ils n'en ont en commun que 160 000.

Pas sur que tout le reste de l'ADN ne soit que du bruit.

Cordialement,
Pascal Forhan
Vastaa Viestiin

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