Détecter une fratrie avec des demi-soeurs et demi-frères

[ffoucart]

Bonjour,

Il va quand même y avoir un problème, car les moyennes statistiques sont données pour des parentés dans une ligne unique. Or, dans le cas exposé, il existerait une parenté proche entre les pères (frères), ce qui rendrait les résultats statistiques à plusieurs générations de distances incertains. Les descendants auront plus que s'ils descendaient de demi-frères et soeurs, et moins que s'il s'agissait d'une vraie fratrie. Sauf que dans une fratrie, l'ADN partagé est variable (et peut être théoriquement très faible, voire inexistant).

Dans ces conditions, il n'y aura pas de moyen de vérifier si la fratrie était composée d'enfants d'un seul père, ou d'enfants issus de deux pères.

Sauf à tester les membres de la fratrie elle-même (et encore), la question sera insoluble.

Je pense que là, il faut accepter de dire qu'on ne saura jamais.

Sinon, dans une fratrie, les enfants d'une même mère sont frères et soeurs utérins, d'un même père, consanguins, et des mêmes partents, germains. Pas d'autre définition à ma connaissance. D'ailleurs, la France ayant longtemps interdit les mariages entre affins, le cas était rarissime (chez les catholiques).

[selfonlypath]

Si on excepte les cas les plus improbables, pour Half 2C, cela va de 25 à 225, et pour 2C de 100 à 450.

Il y a donc une fourchette indécise qui va de 100 à 225 cM,

Vos correspondances sont 131, 164 et 189 cM, Donc en pleine zone indécise
(Il faut bien sûr qu'ils soient de la même génération que vous)

Par contre, lorsqu'on regarde les probabilités, on est clairement plus dans le half 2C que le 2C:
Pour le half, le maximum de cas est à 125 cM, et pour "l'entier" à 250 cM

C'est pour cela que depuis quelques jours j'explore l'autre hypothèse où la mère de la fratrie est la même personne pour tous les enfants mais certains enfants auraient comme père leur oncle...voir quelques commentaires il y a quelques jours et le calcul de @ericdubois

[ffoucart]

C'est pour cela que depuis quelques jours j'explore l'autre hypothèse où la mère de la fratrie est la même personne pour tous les enfants mais certains enfants auraient comme père leur oncle...voir quelques commentaires il y a quelques jours et le calcul de @ericdubois

Le problème, c'est que les statistiques ne pourront pas vous donner de réponse dans le cas de figure qui vous occupe. La proposition d'ericdubois ne donne pas les fourchettes d'ADN partagé, et ici le % d'ADN partagé ne permet en aucune façon de trancher, même en faisant jouer des probabilités (qui n'ont aucun sens ici).

En d'autres termes, votre sujet étant de "détecter une fratrie", ici la réponse sera nécessairement "indétectable".

[ericdubois]

La proposition d'ericdubois ne donne pas les fourchettes d'ADN partagé

La même méthode peut être utilisée pour calculer les fourchettes. Mais à la 3e génération, il y aura beaucoup de chevauchement entre ces fourchettes.

Les calculs vous diront qu'un scénario est un petit peu plus probable que l'autre, mais sans exclure l'autre. Même en testant plus de cousins, je ne pense pas que vous pourrez déterminer avec certitude cette parenté.

[selfonlypath]

Je rebondis sur ce sujet suite à la mise à jour des algorithmes pas Jonathan qui tient compte dorénavant des segments ayant beaucoup de pile-up, voir ce ce dernier post voir ceux d'avant https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=722781&p=1966324#p1966064

Du coup aucune idée vu que je ne suis pas un expert en génétique mais si on prend le nouvel algorithme filtrant ou rejetant certains segments au motif d'intersection importante avec les pile-up, avec la seule de mes cousines 2C qui est sur geneanet on diminue alors pas mal les cM totaux.

Nous avons 6 segments au total mais il semblerait que 3 segments parmi les 6 sont fortement dans des zones de pile-up. En relançant DNA Painter, on converge statistiquement vers une half 2C (demi-cousine) mais bon, la vraie questions est la pertinence de corriger ou pas les cM totaux en fonction du cM de chaque segment fortement déclaré comme pile-up.

Qu'en pense-vous, Albert

[ffoucart]

Bonjour Albert,

Le problème reste identique: vous pouvez avoir zéro ADN partagé avec un cousin germain. Pour autant, il sera bien votre cousin germain, simplement vous n'aurez pas hérité des mêmes bouts d'ADN.

N'oubliez jamais que les estimations d'ADN partagé son établies sur des moyennes, mais que comme toute moyenne, cela implique des extrêmes.

Dans votre cas de figure, à mon sens, la seule manière de sortir du problème avec un taux relativement élevé de probabilité, c'est de comparer les ascendances pour vérifier si l'ascendance de l'ancêtre dont vous doutez donne des correspondances chez les descendants ou pas. Ce qui implique un gros travail de généalogie et de comparaison. Le problème c'est que c'est impossible à effectuer si le père biologique envisagé est le frère germain du grand père. Vous trouverez forcément des correspondances pour leur ascendance commune. Donc, aucun moyen de vérifier s'il s'agit d'une fratrie ou demi-fratrie dans ce cas. La recherche est alors strictement impossible car elle donnerait strictement les mêmes résultats quelquesoit l'hypothèse.

Donc, dans votre cas, soit le grand père biologique est d'une famille différente du grand père légal, et vous pouvez effectuer une recherche (compliquée, mais possible), soit c'est (comme vous le pensez) un de ses frères, et là c'est "dead end". Impossible de trancher.

Encore une fois: les pourcentages d'ADN partagés sont peu fiables pour détecter une parenté (sauf certaines parentés proches, cf ascendant/descendant), et le sont de moins en moins plus la parenté est éloignée.

Bien cordialement,

[ericdubois]

En relançant DNA Painter, on converge statistiquement vers une half 2C (demi-cousine) ...

half 2C est une demi-cousine-issue-de-germains. Soit une génération supplémentaire d'écart. La nomenclature française est alambiquée, mais c'est un autre sujet.

Eric

[selfonlypath]

En relançant DNA Painter, on converge statistiquement vers une half 2C (demi-cousine) ...

half 2C est une demi-cousine-issue-de-germains. Soit une génération supplémentaire d'écart. La nomenclature française est alambiquée, mais c'est un autre sujet.

Eric

Merci de relire le fil de discussion depuis sa genèse, en particulier la première fois où le thème 2C et half 2C est abordé par un autre membre https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=705166#p1892613

Ma question est vraiment théorique, mathématique ou statistique où le problème de fond est que pour certains lignées descendantes de mon grand-père et sa fratrie (3 frères et une soeur), j'ai les résultats d'au moins un cousin(e) niveau 2C donc même génération que moi-même sur chaque branche.

J'ai bien compris que les valeurs cM respectives empêchent de conclure donc ma question était dorénavant de comprendre si le filtrage de geneanet détectant des segments pile-up pourrait aider à affiner si 2C ou half 2C voir une autre hypothèse plus troublante.

Du coup je ne comprends pas votre remarque sur la nomenclature française... Supposons que le grand-père d'une de mes cousines soit en fait le demi-frère de mon grand-père, quelle case considérez-vous correcte dans le tableau DNA painter ?

Albert

[ffoucart]

Juste une précision (mais je pense qu’Albert en est conscient): le retrait des segments pile-ups n’a d’intérêt que pour écarter des parentés impossible à établir, ces segments étant trop partagés pour pouvoir établir un lien généalogique.

Mais cela ne vaut pas si le segment partagé incluant la zone pile-up est nettement plus important et que l’on trouve d’autres segments communs. Là qu’un segment pile-up soit inclu n’a pas d’incidence sur la parenté.

[selfonlypath]

Juste une précision (mais je pense qu’Albert en est conscient): le retrait des segments pile-ups n’a d’intérêt que pour écarter des parentés impossible à établir, ces segments étant trop partagés pour pouvoir établir un lien généalogique.

Mais cela ne vaut pas si le segment partagé incluant la zone pile-up est nettement plus important et que l’on trouve d’autres segments communs. Là qu’un segment pile-up soit inclu n’a pas d’incidence sur la parenté.

En fait, je suis novice dans tout cela donc vraiment preneur d'explications. J'ai posé en privé à Jonathan quel était le ratio exact de pile-up dans chaque 6 segments partagés mais j'avoue ne pas être sûr de tout comprendre sachant qu'il y a 3 segments déclarés en pile-up partiel ou complet.

Merci par avance, Albert

[ericdubois]

Du coup je ne comprends pas votre remarque sur la nomenclature française... Supposons que le grand-père d'une de mes cousines soit en fait le demi-frère de mon grand-père, quelle case considérez-vous correcte dans le tableau DNA painter ?

Concernant la nomenclature, ça concerne uniquement le cousinage. En anglais, c'est simplement "1-2-3-4" pour l'axe "horizontal" et "1-2-3-4 removed" pour l'axe "vertical" (différence de génération — pour ça c'est comme en français "éloigné au X degré").
1st cousin = cousin germain
2nd cousin = cousin issu de germain
3rd cousin = petit-cousin
4th cousin = arrière-petit-cousin
etc.

La relation décrite ci-dessus correspond bien à half 2C. C'est juste la traduction (demi-cousine) qui est incorrecte.

Eric

[ffoucart]

Albert,

Dans votre cas de figure, où la parenté n’est pas mise en cause (vous connaissez la personne et le lien de parenté), la question des zones pile-up n’a aucun intérêt. Il est en effet très probable que ces segments vous viennent de votre ancêtre commun, d’autant que les segments sont plus grands que la zone elle-même. Il ne s’agit donc pas de « faux positifs » (au sens où on détecterait un IBP (Identical By Population).
Dans votre cas, qu’il y ait des zones pile-up est totalement neutre concernant votre parenté.

De toutes façons, compte tenu de votre problématique (tirer au clair une infidélité à plusieurs générations de distances, infidélité à priori avec le beau-frère) le pourcentage d’ADN partagé ne peut pas permettre de trancher. Déjà, même si c’était avec un étranger, cette technique n’est pas fiable.

[selfonlypath]

Ok du coup, merci de me dire si je fais une erreur de raisonnement avec cette nouvelle approche qui serait plus coûteuse car nécessite de refaire des test ADN avec analyse du chromosome Y.

En gros, la fratrie des grand-parents consiste en 4 frères et une soeur, on écarte déjà la lignée descendante de leur soeur car elle ne peut transmettre le chromosome Y de notre arrière-grand-père.

Ensuite je ne peux considérer que mes cousins 2C actuels qui serait masculin et dont leur père serait un descendant d'un des 4 grand-parents masculins de la fratrie.

Si un des grand-père avait une fille, même si elle a eu un garçon (un de mes cousins 2C), il n'aura jamais une partie du chromosome Y avec moi-même.

Merci par avance de me dire, Albert

[ffoucart]

Bonjour Albert,

Je ne comprends pas la question. Si les enfants sont issus soit du grand père, soit du frère consanguin ou germain du grand père, ils ont forcément le même chrosomose Y (s'ils sont des garçons). Donc la comparaison des chromosomes Y ne donnera rien.

La seule possibilité serait que l'infidélité ait été commise avec un autre homme, non parent avec le père légal, et dont le chrosomose Y ait été différent de celui du père (sachant que s'ils ont le même haplogroupe, il faudra aller très loin dans la comparaison pour savoir s'il y a 2 lignées différentes).

Bien cordialement,

[selfonlypath]

Je ne comprends pas la question. Si les enfants sont issus soit du grand père, soit du frère consanguin ou germain du grand père, ils ont forcément le même chrosomose Y (s'ils sont des garçons). Donc la comparaison des chromosomes Y ne donnera rien.

Bonjour François, peut-être relire le début de mon thread ou le problème de fond a été posé, vous y aviez déjà répondu.
La question est de comprendre pourquoi un écart important en cM sur les 2C suivant les 5 lignées de la fratrie.
Il n'est pas important de s'attacher à la cause que l'on a pas à juger, juste de savoir la bonne méthode permettant de trancher si la fratrie est entièrement biologique ou bien il y a des demi-frères, demi-soeurs.
Merci, Albert