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Test Y-DNA avec YSEQ - prochaine étape?

Forum sur la généalogie génétique
dhertzog
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

Y-SEQ vient de m’envoyer les résultats du test ADN-Y de mon coté paternel. Etant novice en génétique généalogique, j’ai besoin de directions pour la suite. Je n’ai pas eu de réponse très claire de Y-SEQ.

J’ai commencé par faire faire le « top-level orientation panel ». Le dernier SNP positif est R1a-CTS4179 (environ 2500 ans, surtout Scandinavie, Grande-Bretagne et Irlande du Nord), puis un test pour S6353 (aussi négatif). En attachement les résultats du test.

Pourquoi j’ai fait faire ce test ? Pour mieux comprendre l’histoire d’un ancêtre né vers 1730, enfant sans doute illégitime, placé dans une institution en Alsace (il pourrait être né à quelques centaines de kms de là, un des parents peut-être Alsacien et l’autre ???). Je fais en parallèle des recherches généalogiques plus classiques. Je comprends que le test ADN ne m’apportera pas toutes les réponses mais j’aimerais « tirer » le maximum d’informations de ce test pour ensuite le diffuser sur les sites de généalogie génétique pour trouver (avec le temps et beaucoup d’espoirs) des matches.

Voici ma question. Au stade où j’en suis:

Est-ce qu’il est plus judicieux d’envoyer un BAM file a YFull pour trouver d’éventuels matches (dans le futur…). Ai-je assez d’informations ? Sinon, que faire ?
ou
Faut-il continuer à faire des tests avec Y-SEQ. Lesquels ? Il me semble que j’ai exploré toutes les sous-branches de CTS4179 ou peut-être pas …

Merci par avance de votre aide.
Dominique
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

effectivement dans l'état actuel de l'arbre phylogénique votre SNP final est CTS4179 downstream Z282, L448, et vous l'avez trouvé sur yfull.
D'autres positions ont été testées positives en amont.
Et toutes les positions en aval ont été testées négatives.

Je n'ai pas l'expérience du transfert sur yfull, mais certains l'ont fait ici. Vu la date du MRCA, je crains que cela ne vous apporte pas beaucoup de retours par rapport à votre objectif.
Mais réciproquement, je n'ai pas trouvé le L145 (positif pour vous) sur l'arbre de yfull. Si il est significatif, cela peut susciter une réponse.
A noter qu'il a été identifié par Thomas Krahn du temps où il travaillait pour FTDNA. Vous pouvez lui demander si ce SNP a été positionné depuis.

Vous pouvez également participer au project R1a de FTDNA https://www.familytreedna.com/groups/r-1a-y-haplogroup/about
qui précise qu'il n'est pas nécessaire d'acquérir un kit.
Ce groupe est très générique mais ce sera certainement l'occasion de vous familiariser avec le domaine.

A noter également le SNP M9 positif mais l'haplogroupe K est en amont, donc non significatif.

Cordialement
dhertzog
female
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Merci encore une fois de vos conseils.

Il me reste donc à espérer qu'au fil des analyses de squelettes anciens on découvre quelques nouvelles branches en aval de CTS4179!
C'est bien la première fois que je suivrais les découvertes de tombesanciennes vikings ou autres, avec anticipation.
Je vais aussi contacter Thomas Krahn au sujet de ce L145.

Cordialement
Dominique
ffoucart
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

En fait pour aller plus loin, il faudrait identifier les SNPs privés, et qu'ils puissent être comparer à d'autres. Donc envoyer votre fichier BAM à YFull me paraît être une bonne idée, sous réserve qu'YSeq ait recherché le max de SNPs. En gros comme un BigY de FTDNA, mais sauf erreur, c'est un service supplémentaire pour YSeq. Sinon, il faudra penser le faire.

Cela ne donnera pas nécessairement de résultats tout de suite, mais cela permettra d'intégrer les SNPs privés à leur base, et donc de pouvoir brancher d'autres individus lorsque leurs résultats seront disponibles.

Ce la arrive de temps à autres (heureusement), même si cela demande de la patience (et éventuellement un petit coup de pouce, par exemple en demandant un à cousin de faire de même). Car si la branche est "validée" (et non plus privée), elle peut devenir proposée commercialement par YSeq et FTDNA et dès lors des personnes qui n'ont pas envoyé leurs données à YFull vont se voir attribué ce sous clade d'office. Ce qui facilitera vos recherches.

Bien cordialement,
jerome4
male
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Le problème de yseq, c'est qu'on soit obligé d'aller voir ailleurs ensuite...

L'arbre du big Y de FTDNA est dans l'ensemble plus complet que sur yfull.
Il est environ deux fois plus complet.
(200 000 individus chez ftdna, environ 100 000 chez yfull)

Je ne crois pas qu'il soit possible de télécharger ces données sur FTDNA. Obligé donc de faire un test chez eux pour être dans leur arbre. Maintenant, le fichier BAM est payant si vous voulez le transférer ailleurs.

Yfull a d'autres avantages que FTDNA, sur les marqueurs SNPs privés par exemple, ou yfull vous les donne tous, alors que FTDNA ne donne que ceux qui sont les plus fiables. Yfull compte l'âge de formation de votre haplogroup, à partir de deux individus.
Vous pouvez également voir les valeurs STRs qui semble être propre à votre haplogroup. ect...

Dans l'ensemble, je suis comptant d'être sur les deux.
tmesli
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Bonjour
Le BIG Y donne t'il le SNP final?
Merci
rubescens
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dhertzog kirjoitti: 29 Toukokuu 2021, 07:08 Bonjour,

Y-SEQ vient de m’envoyer les résultats du test ADN-Y de mon coté paternel. Etant novice en génétique généalogique, j’ai besoin de directions pour la suite. Je n’ai pas eu de réponse très claire de Y-SEQ.

J’ai commencé par faire faire le « top-level orientation panel ». Le dernier SNP positif est R1a-CTS4179 (environ 2500 ans, surtout Scandinavie, Grande-Bretagne et Irlande du Nord), puis un test pour S6353 (aussi négatif). En attachement les résultats du test.

Pourquoi j’ai fait faire ce test ? Pour mieux comprendre l’histoire d’un ancêtre né vers 1730, enfant sans doute illégitime, placé dans une institution en Alsace (il pourrait être né à quelques centaines de kms de là, un des parents peut-être Alsacien et l’autre ???). Je fais en parallèle des recherches généalogiques plus classiques. Je comprends que le test ADN ne m’apportera pas toutes les réponses mais j’aimerais « tirer » le maximum d’informations de ce test pour ensuite le diffuser sur les sites de généalogie génétique pour trouver (avec le temps et beaucoup d’espoirs) des matches.

Voici ma question. Au stade où j’en suis:

Est-ce qu’il est plus judicieux d’envoyer un BAM file a YFull pour trouver d’éventuels matches (dans le futur…). Ai-je assez d’informations ? Sinon, que faire ?
ou
Faut-il continuer à faire des tests avec Y-SEQ. Lesquels ? Il me semble que j’ai exploré toutes les sous-branches de CTS4179 ou peut-être pas …

Merci par avance de votre aide.
Dominique
Les panels d'Y-Seq ne permettent pas d'obtenir un fichier BAM. En effet, un panel consiste à tester différents marqueurs (SNPs) des branches principales en Sanger puis de descendre au fur et à mesure dans l'arbre phylogénétique grâce aux résultats qui sont sortis "positifs" ce qui évite de tester un grand nombre de SNPs.
Seuls les "whole genomes" d'Y-Seq permettent d'envoyer un BAM sur YFull.
C'est possible avec le BIG-Y de FTDNA mais cela coûte 100 dollars à ajouter au prix initial pour récupérer le fichier BAM.
D'autres sociétés proposent des génomes comme Nebula ou Dante Labs.
Viimeksi muokannut rubescens, 31 Toukokuu 2021, 20:03. Yhteensä muokattu 3 kertaa.
rubescens
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tmesli kirjoitti: 31 Toukokuu 2021, 16:22 Bonjour
Le BIG Y donne t'il le SNP final?
Merci
Oui, cela donne le SNP final qui peut s'affiner si d'autres personnes se font tester en comparant leurs variants (SNP) dit "privés".
jerome4
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tmesli kirjoitti: 31 Toukokuu 2021, 16:22 Bonjour
Le BIG Y donne t'il le SNP final?
Merci
Mon SNP final a été créé par mon propre test.
J'étais le deuxième à partager ce marqueur.

J'espère que j'aurais un autre snp final quand quelqu'un, qui se fera tester , aura un de mes marqueurs privés.

C'est l'avantage de tester énormément de SNPs. D'après Yfull, mon taux de couverture est de 78,93% ce qui doit correspondre au big Y 700.
Il est possible que d'autres tests soient encore plus précis!
cai000040
cai000040
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Bonjour,

il serait intéressant de comparer le WGS400 de Yseq avec le BigY de FTDNA :

ils revendiquent une couverture à pratiquement 100% contre 70% pour le BigY (sans le citer)

https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&products_id=175886

Par ailleurs, ils fournissent un fichier BAM.

Cordialement
jerome4
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Viestit: 9767
cai000040 kirjoitti: 01 Kesäkuu 2021, 10:01 Bonjour,

il serait intéressant de comparer le WGS400 de Yseq avec le BigY de FTDNA :

ils revendiquent une couverture à pratiquement 100% contre 70% pour le BigY (sans le citer)

https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&products_id=175886

Par ailleurs, ils fournissent un fichier BAM.

Cordialement
Oui, cela à l'air d'être mieux que le big Y.
Malheureusement, s'il y a peu de personne à faire ce test, alors cela ne sert presque à rien qu'il soit plus précis...
cai000040
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Si on fait ce test, c'est certainement pour le transférer sur yfull, et là, on retrouve, entre autres, ceux qui ont fait le BigY.
rubescens
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cai000040 kirjoitti: 01 Kesäkuu 2021, 10:01 Bonjour,

il serait intéressant de comparer le WGS400 de Yseq avec le BigY de FTDNA :

ils revendiquent une couverture à pratiquement 100% contre 70% pour le BigY (sans le citer)

https://www.yseq.net/product_info.php?currency=EUR&products_id=175886

Par ailleurs, ils fournissent un fichier BAM.

Cordialement
J'ai failli commander le WGS400 sur YSeq mais après avoir contacté Thomas Krahn, en réalité il s'agit d'un whole genome avec une profondeur de 15X soit 7-8X pour le chromosome Y.
Les statistiques présentées sur le site sont pour un WGS400 de 30X de profondeur. Il est prévu de proposer ce WGS400 30X mais il sera plus cher.
L'intérêt d'avoir des reads de 400 paires de base (contre 150 pb pour la majorité des whole genomes) est d'obtenir de meilleurs résultats pour les STRs.
Un WGS400 à 30X, la profondeur classique des whole genomes (soit environ 15X pour le chromosome Y), donnera sûrement de très bons résultats que ce soit pour les SNPs et STRs.
Viimeksi muokannut rubescens, 01 Kesäkuu 2021, 12:34. Yhteensä muokattu 1 kertaa.
rubescens
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cai000040 kirjoitti: 01 Kesäkuu 2021, 12:01 Si on fait ce test, c'est certainement pour le transférer sur yfull, et là, on retrouve, entre autres, ceux qui ont fait le BigY.
Oui mais malheureusement il n'y a pas une majorité des membres ayant réalisé le BIG-Y qui transfèrent sur Yfull (sûrement à cause du coût supplémentaire sur FTDNA de 100 dollars pour récupérer les BAM et 50 euros de transfert sur Yfull).
Mais la chute des prix des genomes va sans doute amener plus de personnes sur Yfull à moyen/long terme.
rubescens
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Voici deux exemples des statistiques actuelles pour le WGS400 :
Reads totaux : 13 128 426
Faible couverture : 8 249 112
Alignement pauvre : 121 844
% Chromosome Y couvert : 99.3%
Longueur des reads : 400 pb
Profondeur : 7X
Reads alignés : 1 044 865

Pour le BIG-Y 700 (variables selon les échantillons) :
Reads totaux : 15 066 683
Faible couverture : 764 851
Alignement pauvre : 7 026 066
% Chromosome Y couvert : 96.6%
Longueur des reads : 150 pb
Profondeur : 63X
Reads alignés : 13 980 578
Je crois qu'ils ne sequencent pas les régions PAR (pseudoautosomiques) puisqu'il peut y avoir des recombinaisons entre X et Y.
Vastaa Viestiin

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