Vastaa Viestiin

16% d'italien avec MyHéritage... Comment est-ce possible ?

houdinil
houdinil
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forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 20:33
Bonjour,
houdinil kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 17:25
c'est l'ADN autosomal de populations actuelles qui est utilisé par toutes les sociétés pour établir la répartition biogéographique ou ethnicité ( https://isogg.org/wiki/Understanding_genetic_ancestry_testing ). Un extrait :
"Les marqueurs donnent des informations sur tous vos ancêtres au cours des dernières générations, mais une fois que vous avez dépassé la dizaine de générations dans le passé (environ 300 ans), seule une petite fraction de vos ancêtres a contribué directement à votre ADN".
Vous mélangez deux choses :
- Les marqueurs déterminant les populations
- Les segments d'ADN représentatifs des ancêtres.

Les segments sont effectivement visibles sur une dizaine de générations.
Les marqueurs proviennent de mutations génétiques (SNP) pour lesquelles ni vous ni moi n'avons la certitude de l'époque à laquelle elles sont apparues.

La page que je vous ai donné donne les haplogroupes (donc une recherche sur les chromosomes sexuels) car on sait que les branches patrilinéaires et matrilinéaires se transmettent le chromosome Y (pour les Hommes) et l'ADNmt (pour tous) sans modification du fait du mode de reproduction humaine.
Par contre, les SNP se produisent sur l'ensemble du génome à la même vitesse que ce qui se passe sur les gonosomes.
Donc si on ne va pas plus loin que -2000 pour les haplogroupes, pourquoi et comment irait-on plus loin avec les SNP pris sur les chromosomes autosomaux ?

Alors, donnez-moi la liste exhaustive des SNP utilisés pour faire une "population de référence" avec la date d'apparition de chaque SNP dans la population humaine, et je reverrai mon jugement.
En attendant....
Je maintiens, les populations sont référencées à partir d'informations apparues dans le génome humain il y a plus de 2500 ans.

Cordialement,
Bonsoir,

Je ne mélange rien. Je cite ( https://isogg.org/wiki/Understanding_genetic_ancestry_testing ).

La question initiale dans ce fil portait sur un Test ADN MyHeritage et les résultats sur l'origine ethnique. C'est un test autosomal (n'est-ce pas ?).

Votre référence sur les haplogroupes (https://www.eupedia.com/europe/origines_haplogroupes_europe.shtml) portent sur les haplogroupes Y-ADN.

Je pense donc que c'est vous qui faites la confusion ;)

Cordialement,

Laurent (houdinil)

houdinil
houdinil
Viestit: 377
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Et si vous voulez voir un exemple d'évaluation d'origine ethnique voici le lien pour un "White paper" de AncestryDNA (j'imagine que les autres sociétés utilisent probablement les mêmes types procédures) :
https://www.ancestrycdn.com/dna/static/images/ethnicity/help/WhitePaper_Final_091118dbs.pdf

Cordialement,

Laurent (houdinil)

jerome4
male
Viestit: 6547
houdinil kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 17:25

c'est l'ADN autosomal de populations actuelles qui est utilisé par toutes les sociétés pour établir la répartition biogéographique ou ethnicité ( https://isogg.org/wiki/Understanding_genetic_ancestry_testing ). Un extrait :
"Les marqueurs donnent des informations sur tous vos ancêtres au cours des dernières générations, mais une fois que vous avez dépassé la dizaine de générations dans le passé (environ 300 ans), seule une petite fraction de vos ancêtres a contribué directement à votre ADN".

Cordialement,

Laurent (houdinil)
Est-ce que les populations actuelles sont vos ancêtres?
Non, ce sont vos contemporains!
Donc, c'est comme pour les correspondances ADN, si vous avez une correspondance ADN sur un segment avec un autre membre, vous ne vous dîtes pas que ce dernier est un de vos ancêtres.
C'est la même chose avec les pourcentages d'ethnicité.
Je sais bien que que les compagnies de test ADN ne vont pas vous le dire...

C'est tout à fait vrai qu'un ancêtre de la 10 eme génération ne vous a pas laissé grand chose, il y a même de forte chance qu'il ne vous ai rien légué: voir le tableau (Theoretical probabilities) sur cette page: https://isogg.org/wiki/Cousin_statistics

Et donc vous vous demandez comment on peut avoir hérité d'un ancêtre de la 150ème et pas de la 10ème génération!
Parce que vous descendez des milliards de fois de l'ancêtre de la 150ème génération, et que probablement tous vos ancêtres des premières générations (si vous n'avez qu'une seule origine) ont tous en eux des segments de cette personne.

Si on pourrait faire la généalogie jusqu'en 3 000 avant JV, on doublerait à chaque génération le nombre d'ancêtre jusqu'à une certaine époque, puis ensuite ça serait l'inverse pour finir avec seulement quelques ancêtres d'il y a 3000 ans.

Et vos quelques ancêtres de cette époque seront aussi ceux des habitants des pays proches.

Les compagnies n'utilisent pas tous les même méthodes.
La meilleur est celle utilisée par 23andMe, qui utilise des petits segments plutôt que des marqueurs individuels.
C'est pour cette raison, que leur résultats sont souvent les meilleurs du marché.
De plus, même sans le test d'un des parents, ils essayent de faire un phasage.
C'est absolument nécessaire, si on ne veut pas mélanger les origines des deux parents.
Mais à ma connaissance, ils sont les seuls à le faire.

Ils expliquent leur méthode ici: https://www.23andme.com/ancestry-composition-guide/

Donc je ne mettrais pas tout le monde dans le même sac, il faut connaître les limites d'un tel test, et se renseigner sur la méthode utilisée...

houdinil
houdinil
Viestit: 377
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Tarkastele heidän sukupuutaan.
Je ne comprends pas vos commentaires par rapport à ma remarque précédente ; "Ce que l'on conçoit bien s'énonce clairement, Et les mots pour le dire arrivent aisément." ;)

Quand au phasage, AncestryDNa et MyHeritage le font (https://isogg.org/wiki/Phasing).

Cordialement,

Laurent (houdinil)

houdinil
houdinil
Viestit: 377
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Je terminerai en ajoutant le lien d'un billet de blog qui explique le problème de l'estimation de l'ethnicité proposée par les différentes sociétés (en anglais) :
https://trentinogenealogy.com/2019/05/dna-ethnicity-report-estimate/

Pour résumer, ce n'est pas de la science c'est du marketing...

Cordialement,

Laurent (houdinil)

forhanp
forhanp
Viestit: 4201
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,
houdinil kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 22:48
Je terminerai en ajoutant le lien d'un billet de blog qui explique le problème de l'estimation de l'ethnicité proposée par les différentes sociétés (en anglais) :
https://trentinogenealogy.com/2019/05/dna-ethnicity-report-estimate/

Pour résumer, ce n'est pas de la science c'est du marketing...
C'est bien ce qu'on dit depuis le début.

En passant, si vous lisez en détail le papier de AncestryDNA, vous verrez que leur estimation de l'ethnicité se base sur des SNP considérés comme typiques d'une population.
Ce que je dis depuis le début.

Je ne mélange rien du tout, vous ne voulez pas d'analogie avec des arbres phylogénétiques des haplogroupes, très bien, relisez le papier d'AncestryDNA, vous verrez la même chose que ce que j'ai dit.
Mieux, vous verrez que leurs populations de références sont basés sur moins de 2000 génomes par population ce qui est très peu.
Mais tout est basé sur un ensemble de SNP considérés comme typique de la région.
Prouvez moi que ces SNP sont arrivés dans le génome humain il y a moins de 2500 ans.
Pour l'instant vous ne l'avez pas fait.
Donc les régions sont construites avec des ADN récents sur la base de marqueurs anciens datant de plus de 2500 ans.
Le calcul du labo estime que ces marqueurs sont représentatifs d'une région, donc suffisamment dominant dans leur génomes de référence pour estimer que cela se ressemble pour donner un pourcentage.
C'est ce que j'explique depuis le début.

Cordialement,
Pascal Forhan

houdinil
houdinil
Viestit: 377
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Bonjour,
Bonjour,
houdinil kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 22:48
Je terminerai en ajoutant le lien d'un billet de blog qui explique le problème de l'estimation de l'ethnicité proposée par les différentes sociétés (en anglais) :
https://trentinogenealogy.com/2019/05/dna-ethnicity-report-estimate/

Pour résumer, ce n'est pas de la science c'est du marketing...
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
C'est bien ce qu'on dit depuis le début.
L'avez-vous lu ? Et qu'est-ce que vous disiez au début ?
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
En passant, si vous lisez en détail le papier de AncestryDNA, vous verrez que leur estimation de l'ethnicité se base sur des SNP considérés comme typiques d'une population.
Ce que je dis depuis le début.
Vous enfoncez des portes ouvertes... Amusant que vous me suggérez de lire le white paper d'AncestryDNA alors que c'est moi qui l'ai cité.
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Je ne mélange rien du tout, vous ne voulez pas d'analogie avec des arbres phylogénétiques des haplogroupes, très bien, relisez le papier d'AncestryDNA, vous verrez la même chose que ce que j'ai dit.
Déjà vous confondez les haplogroupes dans le contexte de l'ADN-Y et les haplotypes.... Les auteurs d'AncestryDNA ne parlent à aucun moment d'haplogroupe dans leur white paper.
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Mieux, vous verrez que leurs populations de références sont basés sur moins de 2000 génomes par population ce qui est très peu.
Je ne vois pas le rapport avec ce que j'ai exprimé. Est-ce en contradiction ? et de quelle manière ?
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Mais tout est basé sur un ensemble de SNP considérés comme typique de la région.
Et alors ? quel est le rapport avec mon affirmation et la votre.
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Prouvez moi que ces SNP sont arrivés dans le génome humain il y a moins de 2500 ans.
Pour l'instant vous ne l'avez pas fait.
Ne retournez donc pas la charge de la preuve ! C'est à vous de nous prouver "Les pourcentages données ne correspondent pas à des ancêtres récents.
Remontez votre arbre de 2500 ans et vous trouverez des individus dont des descendants sont Italiens. "
Donc, citez moi des références qui vont dans le sens de votre raisonnement (n'hésitez pas à "frapper fort" : je sais lire les papiers scientifiques même si je ne suis pas généticien de formation). Soyez précis !
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Donc les régions sont construites avec des ADN récents sur la base de marqueurs anciens datant de plus de 2500 ans.
Là vous confondez à tort les SNP au niveau des autosomes et ceux du chromosome Y.
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Le calcul du labo estime que ces marqueurs sont représentatifs d'une région, donc suffisamment dominant dans leur génomes de référence pour estimer que cela se ressemble pour donner un pourcentage.
C'est ce que j'explique depuis le début.
Quel est le rapport avec votre affirmation initiale ?
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Cordialement,
Enfin, votre analogie initiale avec les haplogroupes de l'ADN-Y était inconsistante vu que les fréquences de mutation des SNP dans ce cas sont beaucoup plus faibles que pour les autosomes d'où l'intérêt pour remonter beaucoup plus loin dans le passé qu'avec les SNP des autosomes.

Cordialement,

Laurent (houdinil)

forhanp
forhanp
Viestit: 4201
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
houdinil kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 22:48
Pour résumer, ce n'est pas de la science c'est du marketing...
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
C'est bien ce qu'on dit depuis le début.
L'avez-vous lu ? Et qu'est-ce que vous disiez au début ?
Oui je l'ai lu, et je disais que ce n'est pas parce qu'on a 16% d'une population dans un rapport d'ethnicité qu'on a 16% des ancêtres provenant de ce pays (la notion de pays avec ses frontières actuelles étant sujette déjà à discussions).
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
Vous enfoncez des portes ouvertes... Amusant que vous me suggérez de lire le white paper d'AncestryDNA alors que c'est moi qui l'ai cité.
C'est bien pour cela que je vous suggère de le relire. Puisque vous mettez en doute mes portes ouvertes.
Vous n'avez jamais répondu à la question de savoir quels SNP étaient utilisés pour la population de référence et à quelle époques ces SNP étaient apparus.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
Déjà vous confondez les haplogroupes dans le contexte de l'ADN-Y et les haplotypes.... Les auteurs d'AncestryDNA ne parlent à aucun moment d'haplogroupe dans leur white paper.
Pourriez-vous donner votre définition d'un Haplogroupe et d'un Haplotype ?
https://fr.wikipedia.org/wiki/Haplogroupe
https://fr.wikipedia.org/wiki/Haplotype
Aux dernières nouvelles, ce n'est pas lié à un chromosome spécifique.
Le concept même de relier des SNP à une population de référence est la définition d'un haplogroupe.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Prouvez moi que ces SNP sont arrivés dans le génome humain il y a moins de 2500 ans.
Pour l'instant vous ne l'avez pas fait.
Ne retournez donc pas la charge de la preuve ! C'est à vous de nous prouver "Les pourcentages données ne correspondent pas à des ancêtres récents.
Remontez votre arbre de 2500 ans et vous trouverez des individus dont des descendants sont Italiens. "
Donc, citez moi des références qui vont dans le sens de votre raisonnement (n'hésitez pas à "frapper fort" : je sais lire les papiers scientifiques même si je ne suis pas généticien de formation). Soyez précis !
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Donc les régions sont construites avec des ADN récents sur la base de marqueurs anciens datant de plus de 2500 ans.
Là vous confondez à tort les SNP au niveau des autosomes et ceux du chromosome Y.
Je n'ai trouvé aucun consensus sur la fréquence d'apparition de nouveaux SNP dans le génome humain, pas plus avant 2500 ans qu'après.
Par contre j'ai trouvé cet intéressant document : http://www.ipubli.inserm.fr/bitstream/handle/10608/7956/MS_2012_10_893.html?sequence=13&isAllowed=y
Indiquant que les SNP retenus le sont lorsque l'allèle mineur est présent dans 5% de la population.
Il en découle de savoir en combien de temps une mutation génétique passe d'une personne à 5% d'une population.
Je doute que cela se fasse en 300 ans max.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
forhanp kirjoitti:
24 Maaliskuu 2020, 23:14
Le calcul du labo estime que ces marqueurs sont représentatifs d'une région, donc suffisamment dominant dans leur génomes de référence pour estimer que cela se ressemble pour donner un pourcentage.
C'est ce que j'explique depuis le début.
Quel est le rapport avec votre affirmation initiale ?
Que pour qu'une SNP se diffuse dans une population, il faut du temps, beaucoup de temps.
Sauf à considérer que toute une génération a été conçue par une seule personne ou que toute une population a développé la mutation simultanément.
Mais je ne pense pas trop m'avancer pour dire que le patriarcat avec harem complet en mode mâle exclusif n'est pas si répandu que cela dans les populations concernées, même en remontant à 2000 ans.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 11:58
Enfin, votre analogie initiale avec les haplogroupes de l'ADN-Y était inconsistante vu que les fréquences de mutation des SNP dans ce cas sont beaucoup plus faibles que pour les autosomes d'où l'intérêt pour remonter beaucoup plus loin dans le passé qu'avec les SNP des autosomes.
Avez-vous des chiffres pour la fréquence d'apparition des SNP dans la population humaine ?
Avez-vous des chiffres pour estimer que ce qui se passe sur les gonosomes est moins fréquent que sur les autosomes ?
Quand wikipedia annonce une modification d'un locus entre 25 et 500 génération pour le gonosome (https://fr.wikipedia.org/wiki/G%C3%A9n%C3%A9tique_des_populations#Introduction_simplifi%C3%A9e_%C3%A0_la_g%C3%A9n%C3%A9tique_des_populations_humaines), avez-vous une meilleure estimation sourcée ?
Avez-vous des chiffres sur la vitesse de dissémination d'un SNP dans une population locale ?
Si oui, je suis preneur.
Tout ce que vous avez indiqué jusque-là n'est que méthode factuelle des labos pour réaliser leurs rapports d'ethnicité.
Et cela ne décrit ni les SNP retenus, ni les dates estimées d'apparition de ces SNP dans la population humaine.

La meilleure estimation pour que les SNPs considérés soient présents dans 5% de la population est donc de remonter dans le temps aux alentours de 2500 ans.
Voila mon calcul, j’attends le votre.

Cordialement,
Pascal Forhan

houdinil
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Je résume mon argumentaire :

Les résultats d'ethnicité sont obtenues en comparant les ADN de populations de référence actuelles avec les ADN autosomaux des personnes testés (exemple de référence : White Paper d'Ancestry DNA).
Je considère que les résultats sur les origines ethniques sont sujet à caution et inhérents aux méthodes utilisées (populations de référence modernes différentes suivant les sociétés...). Il y a de nombreuses références que j'ai déjà indiqué qui disent la même chose (je n'invente rien !).

Votre argumentaire :
Vous considérez les marqueurs SNP utilisés par les différentes sociétés pour leur calcul d'ethnicité comme des mutations qui seraient apparues dans les populations il y a 2500 ans. Les résultats contradictoires des personnes testés par rapport à leur généalogie - la majorité des messages sur ce forum ! - seraient expliqués par cette hypothétique ancienneté des SNP. Hypothèse gratuite car vous ne donnez aucune référence probante appuyant votre propos.


De manière roborative - je me demande pourquoi ! - vous me demandez la liste des marqueurs SNP utilisés par les sociétés (marqueur SNP autosomal) alors que c'est facile d'avoir la réponse : ce sont en fait les marqueurs dans les raw data des tests ADN autosomaux obtenus sachant que c'est à partir de ces données brutes qu'ils vont réaliser les comparaisons avec les populations de références. A ce propos, les sociétés ne comparent pas les SNP de chaque échantillon de leur panel mais les segments d'ADN commun pour espérer les relier à une origine géographique commune ou un groupe de population.

Cordialement,

Laurent (houdinil)

forhanp
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Bonjour,

Les SNPs testés sont connus, mais pas la relation entre les SNP et les populations de référence.

Je ne sais pas quel est votre argumentaire ni votre point de vue, puisque votre première intervention sur ce sujet est celle-ci :
https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=660078#p1687470
A part me reprocher de dire que les SNPs testés sont apparu il y a plus de 2500 ans, vous ne dites rien sur la justesse des tests ethniques ou sur quoique ce soit d'autres.
Vous présentez la méthode des labos pour identifier ce qu'ils appellent une population de référence.

Et si vous relisez le texte d'AncestryDNA que vous avez si gentiment mentionné, vous verrez que les labos testent les SNP même s'ils essayent de les prendre en groupe pour améliorer l'estimation :
Because DNA is passed down from one generation to the next in long segments, it is likely that the DNA at two nearby SNPs, or positions, in the genome was inherited from the same person and so comes from the same population (for more details on DNA inheritance see our DNA Matching White Paper http://dna.ancestry.com/resource/whitePaper/AncestryDNA-Matching-White-Paper). This means we can get more accurate results by looking at multiple nearby SNPs together as a group, or haplotype, instead of looking at each SNP in isolation. Our updated method takes advantage of this to greatly improve our estimates.
On ne parle pas de tester des segments complets.

Vous ne précisez pas non plus comment sont apparus ces SNPs dans la population, ni à quelle époque.
Donc venir dire que les marqueurs identifiés pour une population ethnique sont récents est gratuit et sans aucune référence.
Mon exemple reste pertinent, si on peut remonter un arbre sur 2500 ans et redescendre tous les descendants, il est probable de trouver une partie de ces descendants localisés dans une zone géographique limitée qui a pu servir de "population de référence".

Expliquer les incohérences entre les arbres généalogiques récents et les pourcentages ADN des labos par la méthode de constitution des populations de référence ou par l'ancienneté des SNPs, je ne suis pas sur que ce soit très différent.

On en revient au point de départ que visiblement nous partageons :
Les estimations ethniques ne sont que cela, des estimations, les pourcentages n'ont aucune valeur, ni proche dans le temps ni loin dans le temps.
C'est juste un argument marketing pour vendre des tests.
Et 16% d'italien ne voudra jamais dire que 16% des ancêtres à la 10eme génération ont habité une zone qui représente l'Italie actuelle.

Cordialement,
Pascal Forhan

houdinil
houdinil
Viestit: 377
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Bonjour,

Les SNPs testés sont connus, mais pas la relation entre les SNP et les populations de référence.
Quel est le rapport avec ce que je dis dans le message précédent ?
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Je ne sais pas quel est votre argumentaire ni votre point de vue, puisque votre première intervention sur ce sujet est celle-ci :
https://www.geneanet.org/forum/viewtopic.php?f=77580&t=660078#p1687470
A part me reprocher de dire que les SNPs testés sont apparu il y a plus de 2500 ans, vous ne dites rien sur la justesse des tests ethniques ou sur quoique ce soit d'autres.
Vous présentez la méthode des labos pour identifier ce qu'ils appellent une population de référence.
Aucun reproche : je n'étais pas d'accord avec cette assertion initiale. Mon argumentaire est explicite dans le message au dessus et en particulier sur les justesses des tests ethniques. Vous ne lisez pas mes messages ? " Je considère que les résultats sur les origines ethniques sont sujet à caution et inhérents aux méthodes utilisées (populations de référence modernes différentes suivant les sociétés...). Il y a de nombreuses références que j'ai déjà indiqué qui disent la même chose (je n'invente rien !)."
et pour le "quoique ce soit d'autres" : vous voulez que je parle de cuisine ;)
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Et si vous relisez le texte d'AncestryDNA que vous avez si gentiment mentionné, vous verrez que les labos testent les SNP même s'ils essayent de les prendre en groupe pour améliorer l'estimation :
Because DNA is passed down from one generation to the next in long segments, it is likely that the DNA at two nearby SNPs, or positions, in the genome was inherited from the same person and so comes from the same population (for more details on DNA inheritance see our DNA Matching White Paper http://dna.ancestry.com/resource/whitePaper/AncestryDNA-Matching-White-Paper). This means we can get more accurate results by looking at multiple nearby SNPs together as a group, or haplotype, instead of looking at each SNP in isolation. Our updated method takes advantage of this to greatly improve our estimates.
On ne parle pas de tester des segments complets.
Ah bon ? "multiple nearby SNPs together as a group, or haplotype," donc un segment et je cite "gentiment" un autre extrait dans le même White Paper de MyAncestry DNA :
"When we perform genetic ethnicity estimation, we are interested in computing the probability that a particular segment of DNA, known as an observed haplotype, came from each possible source population in the reference panel (see Section 4 below)"
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Vous ne précisez pas non plus comment sont apparus ces SNPs dans la population, ni à quelle époque.
Donc venir dire que les marqueurs identifiés pour une population ethnique sont récents est gratuit et sans aucune référence.
Mon exemple reste pertinent, si on peut remonter un arbre sur 2500 ans et redescendre tous les descendants, il est probable de trouver une partie de ces descendants localisés dans une zone géographique limitée qui a pu servir de "population de référence".
Les SNP apparaissent par hasard dans la population à toutes les époques. Se demander "comment" est probablement du ressort des religions ;)
Référence dans le White Paper de MyAncestry DNA :
"To create the ethnicity estimate, we compare a customer’s DNA to a panel of DNA from people with known origins (referred to as the reference panel) and look to see which parts of the customer’s DNA are similar to those from people represented in groups in the reference panel"
C'est explicite "people with known origins" ?...
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Expliquer les incohérences entre les arbres généalogiques récents et les pourcentages ADN des labos par la méthode de constitution des populations de référence ou par l'ancienneté des SNPs, je ne suis pas sur que ce soit très différent.
Ah ? Vous commencez à modifier votre point de vue ;)
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
On en revient au point de départ que visiblement nous partageons :
Les estimations ethniques ne sont que cela, des estimations, les pourcentages n'ont aucune valeur, ni proche dans le temps ni loin dans le temps.
C'est juste un argument marketing pour vendre des tests.
Et 16% d'italien ne voudra jamais dire que 16% des ancêtres à la 10eme génération ont habité une zone qui représente l'Italie actuelle.
Dont acte.
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Cordialement,
Merci pour cet échange. Cela m'a au moins permis d'éclaircir certains concepts de généalogie génétique !

Cordialement,

Laurent (houdinil)

forhanp
forhanp
Viestit: 4201
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Les SNPs testés sont connus, mais pas la relation entre les SNP et les populations de référence.
Quel est le rapport avec ce que je dis dans le message précédent ?
Juste le 3eme paragraphe, relisez-vous....
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Aucun reproche : je n'étais pas d'accord avec cette assertion initiale. Mon argumentaire est explicite dans le message au dessus et en particulier sur les justesses des tests ethniques. Vous ne lisez pas mes messages ? " Je considère que les résultats sur les origines ethniques sont sujet à caution et inhérents aux méthodes utilisées (populations de référence modernes différentes suivant les sociétés...). Il y a de nombreuses références que j'ai déjà indiqué qui disent la même chose (je n'invente rien !)."
et pour le "quoique ce soit d'autres" : vous voulez que je parle de cuisine ;)
Argumentaire que vous expliquez dans votre dernier message, jamais avant.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Ah bon ? "multiple nearby SNPs together as a group, or haplotype," donc un segment et je cite "gentiment" un autre extrait dans le même White Paper de MyAncestry DNA :
"When we perform genetic ethnicity estimation, we are interested in computing the probability that a particular segment of DNA, known as an observed haplotype, came from each possible source population in the reference panel (see Section 4 below)"
Pas d'accord, vous déduisez un segment de multiples SNPs proches.
Si vous avez un SNP non répertorié entre 2 SNPs connus, vous en faites un segment qui n'existe pas.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
Les SNP apparaissent par hasard dans la population à toutes les époques. Se demander "comment" est probablement du ressort des religions ;)
Référence dans le White Paper de MyAncestry DNA :
"To create the ethnicity estimate, we compare a customer’s DNA to a panel of DNA from people with known origins (referred to as the reference panel) and look to see which parts of the customer’s DNA are similar to those from people represented in groups in the reference panel"
C'est explicite "people with known origins" ?...
Pour qu'une population entière ait les mêmes SNPs, ou segments, il leur faut un ancêtre commun.
Ou alors, on ne fait pas la même biologie génomique humaine.
Le "known origins" se réfère à des populations récentes, les ancêtres communs à des populations lointaines.
L'apparition au hasard récente ne peut justifier une présence dans une population suffisamment significative pour en faire un discriminant.
houdinil kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 18:27
forhanp kirjoitti:
25 Maaliskuu 2020, 17:48
Expliquer les incohérences entre les arbres généalogiques récents et les pourcentages ADN des labos par la méthode de constitution des populations de référence ou par l'ancienneté des SNPs, je ne suis pas sur que ce soit très différent.
Ah ? Vous commencez à modifier votre point de vue ;)
Plutôt vous le vôtre.

Cette discussion est allé sur des arguments de plus en plus pointus.
L'idée initiale de mes premières réponses à l’initiateur du fil était de simplifier et de vulgariser en présentant des exemples assez simples et compréhensibles.

Cordialement,
Pascal Forhan

paulgalibert
male
Viestit: 44
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
Bonjour,

Le débat est technique et très compliqué à suivre pour le profane.

Comme indiqué plus haut, j'ai injecté mes données ADN dans Gedmatch.

Voici les résultats :

Admixture Eurogenes K15
Population
North_Sea 21.28 Pct
Atlantic 29.53 Pct
Baltic 6.44 Pct
Eastern_Euro 3.77 Pct
West_Med 20.05 Pct
West_Asian 3.84 Pct
East_Med 12.54 Pct
Red_Sea 1.54 Pct
South_Asian -
Southeast_Asian 0.13 Pct
Siberian -
Amerindian -
Oceanian -
Northeast_African -
Sub-Saharan 0.89 Pct


Admixture Eurogenes K13
Population
North_Atlantic 40.13 Pct
Baltic 12.52 Pct
West_Med 25.22 Pct
West_Asian 2.48 Pct
East_Med 17.01 Pct
Red_Sea 1.10 Pct
South_Asian -
East_Asian 0.59 Pct
Siberian -
Amerindian -
Oceanian -
Northeast_African -
Sub-Saharan 0.95 Pct


Admixture Eurogenes K36
Population
Amerindian -
Arabian -
Armenian -
Basque 7.27 Pct
Central_African -
Central_Euro 2.88 Pct
East_African -
East_Asian -
East_Balkan 2.16 Pct
East_Central_Asian -
East_Central_Euro 0.57 Pct
East_Med 5.51 Pct
Eastern_Euro -
Fennoscandian 7.07 Pct
French 6.43 Pct
Iberian 25.60 Pct
Indo-Chinese -
Italian 15.57 Pct
Malayan -
Near_Eastern 2.39 Pct
North_African 2.50 Pct
North_Atlantic 9.42 Pct
North_Caucasian -
North_Sea 4.40 Pct
Northeast_African -
Oceanian -
Omotic -
Pygmy -
Siberian -
South_Asian -
South_Central_Asian -
South_Chinese -
Volga-Ural -
West_African -
West_Caucasian 0.32 Pct
West_Med 7.91 Pct


J'avoue avoir du mal à interpréter ces résultats.

Quelle différence entre Oracle et Admixture ?
Pourquoi autant de North Atlantic et Baltic avec K13 et K15 et pas avec K36 ?

Et toujours, selon les résultats K36, ces 16% d'italien, que je ne m'explique pas.

Mes résultats MyHeritage donnaient ceci :
- Ibère 63,5%
- Italien 16,0%
- Europe du Nord et de l'Ouest 19,4%
- Juif ashkénaze 1,1%

Qu'en pensez-vous ?
Viimeksi muokannut paulgalibert, 27 Maaliskuu 2020, 14:09. Yhteensä muokattu 1 kertaa.

jerome4
male
Viestit: 6547
Vous n'avez pas regardez les résultats "oracles".
Il faut cliquez sur le bouton "oracle" de la page des résultats sur gedmatch.

Comme il n'y a pas "d'oracle" pour K36 sur gedlmatch, je vous donne vos résultats pour K36:

Cantabria: 44.6
France-South: 28.6
Lazio (Italia): 13.4
Finnish-East: 5.0
Sardinia: 4.2
Druze: 3.6
Morocco: 0.6

paulgalibert
male
Viestit: 44
Sukupuu: Ei-graafinen
Tarkastele heidän sukupuutaan.
jerome4 kirjoitti:
27 Maaliskuu 2020, 13:17
Vous n'avez pas regardez les résultats "oracles".
Il faut cliquez sur le bouton "oracle" de la page des résultats sur gedmatch.

Comme il n'y a pas "d'oracle" pour K36 sur gedlmatch, je vous donne vos résultats pour K36:

Cantabria: 44.6
France-South: 28.6
Lazio (Italia): 13.4
Finnish-East: 5.0
Sardinia: 4.2
Druze: 3.6
Morocco: 0.6
Oui, au temps pour moi, il ne s'agissait que des Admixture.

Merci pour ces résultats. Que veulent-ils dire ?

Et quelle est la différence entre Admixture et Oracle ?

Voici mes Oracle K13 et K15 :

Oracle Eurogenes K13

Admix Results (sorted):

# Population Percent
1 North_Atlantic 40.13
2 West_Med 25.22
3 East_Med 17.01
4 Baltic 12.52
5 West_Asian 2.48
6 Red_Sea 1.1
7 Sub-Saharan 0.95
8 East_Asian 0.59

Single Population Sharing:

# Population (source) Distance
1 Spanish_Valencia 3.66
2 Spanish_Cataluna 3.75
3 Spanish_Murcia 4.41
4 Portuguese 4.5
5 Spanish_Castilla_Y_Leon 5.03
6 Spanish_Extremadura 5.6
7 Spanish_Galicia 6.02
8 Spanish_Andalucia 6.23
9 Spanish_Castilla_La_Mancha 6.24
10 Spanish_Cantabria 7.34
11 Spanish_Aragon 8.01
12 North_Italian 8.81
13 Southwest_French 8.94
14 French 9.63
15 Tuscan 14.67
16 South_Dutch 15.56
17 West_German 15.58
18 Southeast_English 19.64
19 French_Basque 19.72
20 Austrian 20.25

Mixed Mode Population Sharing:

# Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1 88.7% Spanish_Valencia + 11.3% Serbian @ 2.6
2 91.3% Spanish_Cataluna + 8.7% Ashkenazi @ 2.62
3 92.1% Spanish_Cataluna + 7.9% Italian_Jewish @ 2.65
4 89% Spanish_Valencia + 11% Romanian @ 2.67
5 89.9% Spanish_Valencia + 10.1% Bulgarian @ 2.72
6 94.9% Spanish_Cataluna + 5.1% Lebanese_Druze @ 2.76
7 90.4% Spanish_Valencia + 9.6% Hungarian @ 2.76
8 92.6% Spanish_Cataluna + 7.4% Algerian_Jewish @ 2.76
9 85.1% Spanish_Cataluna + 14.9% Tuscan @ 2.77
10 92.7% Spanish_Cataluna + 7.3% Sephardic_Jewish @ 2.81
11 93.5% Spanish_Cataluna + 6.5% Tunisian_Jewish @ 2.82
12 89.7% Spanish_Cataluna + 10.3% West_Sicilian @ 2.84
13 95.2% Spanish_Cataluna + 4.8% Lebanese_Christian @ 2.86
14 93.7% Spanish_Cataluna + 6.3% Libyan_Jewish @ 2.89
15 77.7% Spanish_Cataluna + 22.3% North_Italian @ 2.9
16 96% Spanish_Cataluna + 4% Yemenite_Jewish @ 2.9
17 95.2% Spanish_Cataluna + 4.8% Samaritan @ 2.9
18 94.5% Spanish_Cataluna + 5.5% Cyprian @ 2.91
19 90.1% Spanish_Valencia + 9.9% Austrian @ 2.92
20 92% Spanish_Cataluna + 8% South_Italian @ 2.92


Oracle Eurogenes V2 K15
Admix Results (sorted):

# Population Percent
1 Atlantic 29.53
2 North_Sea 21.28
3 West_Med 20.05
4 East_Med 12.54
5 Baltic 6.44
6 West_Asian 3.84
7 Eastern_Euro 3.77
8 Red_Sea 1.54
9 Sub-Saharan 0.89
10 Southeast_Asian 0.13

Single Population Sharing:

# Population (source) Distance
1 Spanish_Cataluna 2.8
2 Spanish_Murcia 3.49
3 Spanish_Castilla_Y_Leon 4.36
4 Spanish_Extremadura 4.54
5 Portuguese 4.76
6 Spanish_Valencia 4.94
7 Spanish_Castilla_La_Mancha 6.16
8 Spanish_Andalucia 6.27
9 Spanish_Galicia 6.54
10 Spanish_Cantabria 6.95
11 Spanish_Aragon 7.38
12 North_Italian 7.68
13 Southwest_French 8.32
14 French 9.77
15 Tuscan 13.69
16 South_Dutch 14.17
17 West_German 16.78
18 French_Basque 17.25
19 Serbian 17.45
20 Southwest_English 17.62

Mixed Mode Population Sharing:

# Primary Population (source) Secondary Population (source) Distance
1 95.5% Spanish_Cataluna + 4.5% Lebanese_Druze @ 1.76
2 95.7% Spanish_Cataluna + 4.3% Lebanese_Christian @ 1.9
3 90.6% Spanish_Cataluna + 9.4% West_Sicilian @ 1.92
4 94.9% Spanish_Cataluna + 5.1% Cyprian @ 1.93
5 93.6% Spanish_Cataluna + 6.4% Sephardic_Jewish @ 1.96
6 93.6% Spanish_Cataluna + 6.4% Algerian_Jewish @ 1.96
7 92.6% Spanish_Cataluna + 7.4% South_Italian @ 1.97
8 93.3% Spanish_Cataluna + 6.7% Italian_Jewish @ 1.97
9 91% Spanish_Cataluna + 9% Italian_Abruzzo @ 1.98
10 96% Spanish_Cataluna + 4% Kurdish_Jewish @ 1.99
11 94.4% Spanish_Cataluna + 5.6% Tunisian_Jewish @ 1.99
12 95.7% Spanish_Cataluna + 4.3% Samaritan @ 2
13 95.4% Spanish_Cataluna + 4.6% Lebanese_Muslim @ 2.01
14 96.1% Spanish_Cataluna + 3.9% Iranian_Jewish @ 2.02
15 96% Spanish_Cataluna + 4% Assyrian @ 2.05
16 95.8% Spanish_Cataluna + 4.2% Palestinian @ 2.05
17 87.8% Spanish_Cataluna + 12.2% Tuscan @ 2.06
18 92.7% Spanish_Cataluna + 7.3% Central_Greek @ 2.09
19 94.9% Spanish_Cataluna + 5.1% Libyan_Jewish @ 2.12
20 92.8% Spanish_Cataluna + 7.2% East_Sicilian @ 2.13

Vastaa Viestiin

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